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KIM'S NOTEBOOK
科学を熱くする
科学の発見に比類のない可能性をもたらすサンのシステム
HPCは、例えば遠い過去の地球の気候の動態調査や宇宙の進化の研究、生命維持プロセスにおける複雑な生体分子の介在の仕方の発見などの分野で研究者が他の方法では不可能な実験を実施することを可能にします。 こうした研究の成果は、飢餓との闘いや宇宙とヒトゲノムの関係、一般的な病気に対する治療法などの発見をもたらし、生活の質を劇的に改善する可能性があります。サンのシステムによって、かってない分解能と精度がもたらされ、研究者は非常に多くの問題でより輝かしい業績を達成できます。 TACC（Texas Advanced Computing Center） 2006年9月、全米科学財団は、高性能コンピューティング・システムの調達、運用、サポートのための費用として5年間、5,900万ドルをオースチンにあるテキサス州立大学のTACC（Texas Advanced Computing Center）に授与しました。TACCはサンと提携し、非常に大きな科学及び技術コンピューティング要件のサポート用に特別に開発されたスーパ・コンピュータシステムを導入しようとしています。2007年の最終構成では、このスーパ・コンピュータは400テラフロップを超えるピーク性能を持ち、世界最強クラスのスーパ・コンピュータ・システムの1つになります。メモリは100テラバイトを超え、ディスク・ストレージは1.7ペタバイトになります。このシステムの土台はSun Fire x64（64ビットx86）サーバとSun StorageTekディスク、テープ・ストレージ技術で、近々登場するAMDのクアドコア・プロセッサを13,000個以上使用されます。 米国全土の研究者がこのスーパ・コンピュータにアクセスすることになります。カリフォルニア州立大学物理学部の研究教授ボブ・シュガー氏と彼の同僚は、このシステムを利用して基本的な4つの自然力に対する自分たちの研究を前進させ、電磁気学と弱い相互作用、量子色力学、強い相互作用理論という物理法則の理解を深めようと期待しています。また、彼らはビッグバン直後に存在した、温度や密度の極限状態下における物質の特性も調査する予定です。 アーバナシャンペインにあるイリノイ州立大学のTheoretical and Computational Biophysics Groupのリーダであるクラウス・シュルテン氏は、コンピュータを利用した生命科学で画期的な研究を行い、あらゆる生命体において細胞が遺伝子命令から新しいプロテインを合成する方法や、植物が太陽光を化学エネルギに変換する方法を研究しています。また彼は、バイオエンジニアが医療用ナノデバイスを開発する支援もしています。シュルテン氏は、受賞歴のある彼のグループの並列分子動力学コードが今回の新しいTACC/サン提携システムが組み合わさることで、生体細胞の最大構造をもシミュレートできるようになると期待しています。これによりTACC/サン提携システムは、人体細胞へのウィルスの感染や細胞自身のプロテインを用いた肥満の治療法、自然が太陽光を採り入れて地球上のあらゆる生命を活性化する方法を明らかにする新しいタイプの顕微鏡になります。 TIGR（Institute for Genomic Research） メリーランド州ロックビルに拠点がある非営利研究機関のTIGR（Institute for Genomic Research）は15台のHP Alphaサーバの後継にサンを選定し、3台のSun Fire x64（64ビットx86）サーバにIT業務を統合して、分子研究用の複雑なゲノム・アセンブラを動かすことにしました。TIGRでの研究は、医学や農業、エネルギ、環境、生物兵器防衛の広範囲の分野に適用可能なDNA固有の研究を生み出すことによって生命過程の理解を深めることに貢献してきました。ゲノム・アセンブリは、シーケンス化プロジェクトによって生成される大量の短いDNAシーケンスを再構築するという計算集約的プロセスです。サンのシステムは、他社に負けない魅力的な購入価格とともに、さらに重要なこととして、電源及び冷却要件を70%以上削減する技術を提供することによってTIGRのIT予算の有効利用に貢献しました。 UCLAのLONI（Laboratory of Neuro Imaging） UCLAのLONI（Laboratory of Neuro Imaging）は、脳の研究強化に役立てるべく経済的なHPCグリッドの構築にサンを選定しました。Solaris 10 OSとSun N1 Grid Engine、306台のSun Fire x64（64ビットx86）サーバ、Sun StorEdge L8500を土台にしたこのグリッドは、複雑でデータ集約型のアルゴリズムを実行し、アルツハイマ病や精神分裂症などの病気の原因や治療薬、治療法を研究したり、脳の成長を解析したりする支援をします。 科学の発見は、人類が直面する非常に複雑な問題のいくつかを解決する可能性を秘めています。しかしながら、研究予算獲得の競争は激しく、研究者はスケーラビリティやコンピューティング性能を最大限活かして短期に結果を出さなければなりません。 技術革新にサンは投資しており、研究機関はいくつかの理由でサンにそのコンピューティング基盤を委ねることができます。少なくとも、サンは価格及び性能面でライバルに打ち勝っています。またサンの技術は、電力及び冷却の面で長期にわたるコスト削減をもたらします。サンの評価や営利面の安定性、HPCエンジニアリング知識は一体となって、信頼性と拡張性を保証します。 これらの大学・研究機関がサン製品を活用して人類の苦しみを和らげ、生活の質を劇的に向上させる画期的な技術革新が誕生する日を楽しみにしています。 敬具 Kim Jones（キム・ジョーンズ） ご質問・ご意見はSite-TKY@sun.comにお寄せください。 |
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ハイパフォーマンス・コンピューティング（HPC）における最近の3つの事例を通じて、大学・研究機関がどのようにサンの製品及び技術を活用して、高エネルギ物理学や遺伝学、コンピュータを利用した生命工学、ナノデバイス分野における人間の理解を促進させるスーパ・コンピュータを構築しているかを知ることができます。